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De même, ces arbres ne doivent pas être assimilés à des taxonomies qui
définissent une classification des individus, et dont chaque noeud constitue un
taxon (un ensemble d'individus).
Le but des arbres est ici de structurer les descriptions. Cette structuration a lieu
dans deux dimensions selon les deux relations les plus naturelles que nous avons
mentionnées aux chapitres 3 et 4 : dépendances (relations de composition ou
assertions composites) et spécialisations (relations d'héritage ou ordre partiel
entre les objets).
L'objet (le composant) se trouve à la jonction de ces deux dimensions : d'un
coté, il peut être partitionné. De l'autre, il peut être précisé. Afin de bien faire la
distinction entre les deux notions, nous avons choisi de représenter
graphiquement l'observable dans deux dimensions correspondant à des fenêtres
graphiques différentes (figure 6.1).
Cette exigence permet de répondre à un des buts principaux du modèle descriptif
qui est de servir d'ossature à un guide d'observation. Un arbre possède la
propriété d'avoir un début (la racine) et une ou plusieurs fins (la feuille) et la
"remontée" dans l'arbre ne s'effectue que par un seul chemin. C'est pourquoi
nous avons décidé d'éviter une représentation graphique sous forme de réseau
sémantique comme dans KL-ONE [Brachman, 1977], [Brachman & Schmolze,
1985] ou de graphe conceptuel [Sowa, 1984] dans laquelle les relations sont
mélangées dans un même plan visuel. Cette manière de procéder (que l'on
retrouve dans les applications industrielles) est inapplicable dans nos applications
biologiques du fait qu'aucun ordre entre relations n'y est apparent.
Or la modélisation des descriptions d'un système naturel fait apparaître un ordre
naturel dans les relations entre objets : un individu à décrire se décompose en
objets et chaque composant peut être à son tour précisé (si nécessaire).
L'individu représente la racine de l'arbre de (dé)composition alors que si l'objet
est précisable, il se trouve être à la racine de l'arbre de spécialisation.
C'est pourquoi nous avons choisi de représenter explicitement la relation de
composition (ou de dépendance) dans le plan principal. Chaque objet composant
ce plan peut être ensuite précisé selon la relation de spécialisation (ou de
particularisation). Cette structuration à deux dimensions "orthogonales"
subordonne la relation de spécialisation à celle de composition (figure 6.1) :
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