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Abstract
Sponges of the genus Hyalonemawere used as an application
domain for conceiving, developing and evaluating softwares
that cover a great part of the taxonomist needs: acquiring and
managing descriptions, processing characters for
classification purpose, building expert systems based on
induction or case-based reasoning technologies for
identification purpose. All these tools are relying on a new
representation formalism of descriptions, which is naturally
structured. The structure is elaborated by representing all what
is observable in a descriptive model. The multiple interests
of this methodological approach are discussed, in particular
its affinity to high quality information exchanges between
researchers, through networks. Some already available
software tools are briefly presented.
Key-words:knowledge representation, description,
classification, identification, induction, case-based
reasoning, Porifera.
Résumé
Les Éponges du genre Hyalonemaont servi de domaine
d'application pour la conception, le développement et
l'évaluation de logiciels couvrant une grande partie des
besoins des systématiciens: saisie et gestion de descriptions,
manipulation des caractères à des fins de classification,
systèmes experts de détermination fondés sur l'induction ou le
raisonnement sur cas. Tous ces outils s'appuient sur un
nouveau mode de représentation des descriptions, sous forme
naturellement structurée. Cette structuration est élaborée par
la représentation de tout l'observable sous forme d'un modèle
descriptif. Les intérêts multiples de l'approche
méthodologique proposée sont discutés, en particulier son
adéquation à des échanges d'information de haute qualité entre
chercheurs, via les réseaux. Les outils logiciels déjà
disponibles sont rapidement présentés.
Mots-clefs : représentation des connaissances,
description, classification, détermination, induction,
raisonnement sur cas, Porifera.
Introduction
Toutes les tâches ayant trait aux sciences
d'observation ont recours aux descriptions. La
connaissance ne peut en effet s'accommoder
d'observations non formalisées, et implique une
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abstraction plus ou moins consciente de la réalité,
sous forme de descriptions. S'il peut paraître trivial
d'affirmer ainsi le rôle fondamental des
descriptions dans tous domaines des sciences
naturelles, il l'est moins de remarquer que leur
réalisation même est toujours restée dépendante
du "savoir-faire" individuel du biologiste. On
apprend à lire, à compter, mais pas à décrire ;
probablement est-ce considéré comme inné.
Pourtant, dès lors qu'on prend les descriptions
comme un sujet d'étude, on doit bien constater
qu'elles ne constituent des supports de
connaissances qu'empiriques et imparfaits.
Il n'y a là aucune fatalité, et nous nous
emploierons ici à démontrer que, à l'ère de
l'informatique, des solutions peuvent être trouvées
pour rendre aux descriptions toute leur puissance,
en particulier pour les adapter au mieux aux
problèmes de classification et d'identification.
Certaines de ces solutions ont été testées sur un
petit domaine réel, celui des Spongiaires du genre
HyalonemaGRAY,1832 (Fig. 1), choisi pour être
bien maîtrisé par l'un de nous et dont la taille et la
complexité sont représentatives de nombreux
autres domaines tant zoologiques que botaniques.
Afin de faire ressortir les difficultés que rencontre
le systématicien dans son travail de tous les jours,
nous partirons d'une analyse de la pratique
concrète de la détermination ; les solutions
logicielles appropriées pourront alors être
présentées.
LA PRATIQUE DE DÉTERMINATION
Toute détermination d'un objet vivant ou inanimé
commence par une phase essentielle de
description de ce spécimen. Ensuite les éléments
d'observation obtenus sont comparés aux
descriptions préexistantes, souvent synthétisées en
diagnoses ou présentées sous forme de clefs. La
comparaison peut aussi porter sur l'examen direct
de spécimens déjà déterminés en collection.
L'objectif est l'identification du groupe
taxinomique auquel appartient le spécimen, sous
forme d'un nom scientifique. Le système
binominal dû à Linné permet à tous de parler de
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