REMERCIEMENTS

Ce travail est un résultat d'une démarche pluri-disciplinaire à la frontière entre l'informatique, la biologie et les mathématiques. C'est aussi le fruit d'une continuité dans la recherche de solutions adaptées à des utilisateurs non informaticiens qui remonte à bientôt dix ans, depuis l'apparition de TOM, premier système expert en agriculture sur les maladies de la tomate en 1984.

C'est avec plaisir que j'exprime ici ma profonde gratitude envers toutes les personnes qui ont permis ce rapprochement entre différentes disciplines et qui ont contribué de près ou de loin à la réalisation de cette thèse.

Tout d'abord, je salue Monsieur Edwin Diday, mon Directeur de Thèse, Professeur à l'Université Paris IX-Dauphine et Directeur de Recherches à l'INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique), qui m'a encouragé dans l'analyse formelle des objets biologiques, me forçant à plus de rigueur. En outre, il a instauré dans son équipe CLOREC un véritable débat d'idées très enrichissant pour rapprocher les différentes communautés de l'intelligence artificielle, de l'analyse des données, de la biologie, etc.. Qu'il soit remercié pour la qualité du cadre de recherche qu'il procure à ses thésards.

Ensuite, Monsieur Jacques Le Renard, Directeur de Recherches à l'INRA (Institut National de Recherche Agronomique) et détaché au MNHN (Muséum National d'Histoire Naturelle), qui a dirigé aussi ce travail pour la partie appliquée en biologie. Grâce à lui, j'ai pu "basculer" de l'agronomie à l'informatique et effectuer tous ces travaux de recherche sur des applications concrètes jusqu'à la thèse. Qu'il soit remercié pour son grand dévouement, nos âpres discussions très enrichissantes, l'aide précieuse qu'il m'a apportée pour rédiger ce manuscrit et le perfectionner dans son fond et dans sa forme.

Je suis aussi très reconnaissant au Professeur Claude Lévi pour sa disponibilité en tant qu'expert au MNHN, sa patience en l'attente des outils informatiques permettant de saisir et d'analyser sa connaissance. A travers lui, je pense aussi aux autres experts que j'ai pu côtoyer à l'INRA, notamment Dominique Blancard et Serge Mercier qui ont permis à la méthode définie dans cette thèse de voir le jour. Néanmoins, il reste encorebien des questions soulevées par l'approche expérimentale et auxquelles nous comptons bien apporter des réponses dans l'avenir !